La Unidad Ambiental del MTI, fue creada mediante Resolución Ministerial Nº 27 (25 de Agosto de 1993) a iniciativa y apoyo del Banco Interamericano de Desarrollo "BID" para la ejecución del Programa de Rehabilitación y Mejoramiento de Caminos Rurales "REMECAR". Se incorpora formalmente en el MTI, mediante el Decreto 71-98 que reglamenta la Ley 290 de Organización, Competencias y  Procedimientos del Poder Ejecutivo, en el Arto166 de dicho Decreto, se incluye a la Unidad Ambiental como órgano asesor de la Dirección Superior.

Actualmente la Unidad de Gestión ambiental es el órgano asesor de la Dirección Superior y de apoyo a todas las dependencias del Ministerio para coordinar, supervisar y controlar la incorporación adecuada y oportuna de los aspectos ambientales en los proyectos que ejecuta la Institución,  con el objeto de evitar, mitigar o compensar los impactos ambientales negativos que pudieran producirse durante la ejecución u operación de los Proyectos.